Setelah UNY menjadi Perguruan Tinggi Negeri Berbadan Hukum (PTNBH) membawa konsekuensi peningkatan kebutuhan untk menjalin kerjasama dengan berbagai pihak. Kerja sama dapat dipandang sebagai salah satu strategi untuk meningkatkan kualitas kelembagaan. UNY telah menjalin kerja sama dengan berbagai institusi baik dalam maupun luar negeri. Sebagai payung hukum dan legalitas dari bentuk kerja sama UNY dengan mitra, telah disusun Memorandum of Understanding (MoU) (atau Naskah Kerja Sama) dan Memorandum of Agreement ( M A ) (atau Perjanjian Kerja Sama).