Sebagai Universitas yang memiliki banyak program studi keguruan, Universitas Negeri Yogyakarta memutuskan untuk mendirikan SD Pedagogia sebagai sekolah laboratorium inklusi. Sekolah ini terletak di kampus 2 Universitas Negeri Yogyakarta, jalan Bantul no 50 Yogyakarta. Tepat pada tanggal 1 Februari merupakan tanggal berdirinya sekolah ini. Sebagai sekolah laboratorium, tenaga akademis yang digunakan melalui mahasiswa/ alumni Universitas Negeri Yogyakarta.